ayuda!! problemas de latex al compilar la tesis!

Buenas tardes, no se si se publice por esta categoria pero aqui voy (si estoy equivocado, avisenme x fa).
Les llamo por que estoy realizando una tesis en latex y, tras compilar mi documento, me sale esto:

[16]) [17] (capitulo3.tex
Cap\'{\i }tulo 2.
[18] [19] [20]

y se para la compilacion por si sola. Antes de esto me salen puros \overfull y \underfull, con algunos warning relativos a referencias. cuando la cancelo (con la 'x' roja de la ventana, pues uso winedt 9) y vuelvo a compilar el documento, me corre todo normal ¿De que se trata?¿Que puedo hacer? Tengo entendido que para cargar las etiquetas (referencias) se debe compilar el documento dos veces seguidas y asi no se puede, ¿Me podrían dar alguna sugerencia? Gracias de antemano.